課程資訊
課程名稱
結構生物資訊學
STRUCTURAL BIOINFORMATICS 
開課學期
96-1 
授課對象
生物資源暨農學院  生物產業機電工程學研究所  
授課教師
陳倩瑜 
課號
BME5412 
課程識別碼
631 U3140 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三2,3,4(9:10~12:10) 
上課地點
電電實驗室 
備註
總人數上限:50人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/961StruBioinfo 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

此一課程在於介紹計算結構生物學之演算法與生物研究相關之計算工具及資料庫。內容將包括蛋白質序列比對,序列相似度之定義,序列分群,演化樹之建構,蛋白質功能預測,功能區與重要胺基酸之預測,結構預測等等。 

課程目標
使學生獲得從事蛋白質序列分析等研究必須之基礎能力。相關技術包括:序列比對演算法,資料分群,資料分類,序列特徵探勘,以及linux系統之基本操作。 
課程要求
 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
每週五 12:00~13:00
每週二 12:00~13:00 
指定閱讀
 
參考書目
 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
期中考 
30% 
 
2. 
期末專題 
30% 
 
3. 
作業 
40% 
 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
09/19  Introduction to Structural Bioinformatics 
第2週
09/26  Protein sequences 
第3週
10/03  Protein sequence clustering 
第4週
10/10  國慶日 (放假一天) 
第5週
10/17  Defning similarity: sequence alignment 
第6週
10/24  Database serach: BLAST and FASTA  
第7週
10/31  Multiple sequence alignment and profiles 
第8週
11/07  Incremental clustering 
第9週
11/14  Classification algorithms - Secondary structure prediction 
第10週
11/21  Feature selection for disorder prediction 
第11週
11/28  Midterm (disorder powerpoint with colors) 
第12週
12/05  Protein disorder prediction 
第13週
12/12  Structure descriptions 
第14週
12/19  Proten Structure Comparison 
第15週
12/26  Present proposal of final project 
第16週
01/02  Structure comparison/prediction 
第17週
01/09  Comments on sequence alignment 
第18週
01/16  Demo of final project